2002 roku ukończył Studia Podyplomowe na Wydziale Ekonomiczno-Socjologicznym Uniwersytetu Łódzkiego w zakresie organizacji pomocy społecznej. W dniu 30.05.2004 roku na Wydziale Nauk o Wychowaniu Uniwersytetu Łódzkiego ukończył studia podyplomowe w zakresie pedagogiki specjalnej „Edukacja i rehabilitacja osób upośledzonych umysłowo w stopniu umiarkowanym, znacznym i głębokim (Oligofrenopedagogika).
Na podstawie pracy habilitacyjnej pt. „Dobročinné strediská a vỳchovné zariadenia ako prejav charitatívnej a katechetickej činnosti cirkvi v dejinách Polska” na Wydziale Pedagogicznym KUvR uzyskał w dniu 10 listopada 2009 r. stopień naukowy doktora habilitowanego nauk humanistycznych. Recenzentami pracy habilitacyjnej byli: prof. dr hab. Marek Pribula, prof. dr hab. Ľubomír Pekarčík, dr hab. František Hanobík oraz prof. dr hab. Henryk Machel. Praca po recenzjach wydawniczych opublikowana została w Polsce jako monografia naukowa pt. "Zakłady dobroczynne i domy poprawy w dawnej Polsce" i ze względu na bogate źródła bibliograficzne i dużą wartość historyczną znalazła się w zbiorach bibliotecznych wielu uniwersytetów amerykańskich i europejskich. Stanisław Lipiński jest autorem 150 recenzowanych artykułów naukowych i 12 monografii wydanych w języku polskim, angielskim, słowackim i ukraińskim.