Rozpoczął wówczas zasadniczą budowę zamku w Świeciu, jednej z najważniejszych twierdz państwa krzyżackiego w regionie.
Będąc komturem Świecia zyskał przyjaźń Karola Luksemburskiego, syna króla Czech, przyszłego króla niemieckiego i cesarza, który zatrzymał się u niego w 1345 wracając z krzyżacko-czesko-węgierskiej wyprawy na Litwę. Później Karol IV wielokrotnie zapraszał go do siebie i wyróżniał wśród innych komturów. Być może Günther von Hohenstein miał jakiś udział w ucieczce Karola z niewoli u Kazimierza Wielkiego w Kaliszu.
24 czerwca 1349 objął komturię w Ostródzie, która powstała z południowych ziem komturstwa dzierzgońskiego w 1341 roku. Jako wieloletni komtur ostródzki przyczynił się do umocnienia i kolonizacji południowych terytoriów Prus Górnych.
Obok dawnej drewnianej twierdzy zbudował w latach 1349–1370 nowy murowany zamek w Ostródzie, siedzibę niedawno powołanej komturii. Przyczynił się do umocnienia Ostródy i lokacji nowych wsi na terenie komturstwa. Jego rodowe barwy mogły znaleźć się też na chorągwi ostródzkiej zdobytej pod Grunwaldem i opisanej przez Jana Długosza w Banderia Pruthenorum (zob. flaga Ostródy).