Życie prywatne Payne-Scott była ateistką, feministką i orędowniczką praw kobiet. Była członkinią . Australian Security Intelligence Organisation (ASIO) prowadziła jej teczkę jako osoby „interesującej” w latach 1948–1959, nie zdołała jednak potwierdzić niczego ponad jej związki z partią, zaangażowanie w międzynarodową współpracę naukowców i w ruch związkowy.
Z zamiłowaniem uprawiała turystykę pieszą, kochała koty i lubiła robótki na drutach.
Rodzina Ruby Payne-Scott i William („Bill”) Holman Hall potajemnie pobrali się w 1944 roku. Obowiązywał wówczas (), zgodnie z którym zamężne kobiety nie mogły zajmować stałych stanowisk w służbie publicznej. Kontynuowała pracę dla CSIRO, będąc w tajnym związku małżeńskim, aż przepisy nowego CSIRO z 1949 roku postawiły kwestię jej małżeństwa. W 1950 roku kierownictwo CSIRO oficjalnie dowiedziało się o jej małżeństwie. Payne-Scott utraciła stałe stanowisko i została przeniesiona na etat tymczasowy, tracąc zarazem dotychczasowe składki emerytalne. Przeciwko tej degradacji stanowczo protestowała.