Nadal pisał wiersze, a ponadto na cześć objęcia rządów przez nowego biskupa warmińskiego Marcina Kromera napisał dialog, który został wystawiony przez uczniów kolegium w Braniewie dla biskupa w sierpniu 1579 rokuAleksander Soczewka, Dialog Kaspra Pętkowskiego S. J. poświęcony Marcinowi Kromerowi Prawo Kanoniczne : kwartalnik prawno-historyczny 18/3–4, 251–273, 1975.. W latach 1578–1581 był nauczycielem greki w kolegium jezuitów w Wilnie. Jednocześnie studiował tam filozofię, po ukończeniu której otrzymał święcenia kapłańskie. Okres studiów w Wilnie był także bardzo twórczy, wówczas powstało wiele jego dialogów szkolnych, tekstów pastoralnych, umoralniających i panegiryków. Jeden z nich – Dialogus de pace – dedykowany królowi Stefanowi Batoremu, przyniósł znaczną popularność autorowi, po tym jak został wystawiony w katedrze wileńskiej w obecności króla i licznych dostojników. W okresie wileńskim Pętkowski napisał również dużo drobnych tekstów i utworów o tematyce kościelnej, między innymi były to hymny o świętych patronach. Zachowane teksty spisane własnoręcznie przez niego są najstarszym zabytkiem literackim twórczości jezuickiej na terenach polskichEncyklopedia wiedzy o jezuitach na ziemiach polskich 1564–1995, s.