W 1939 jej kierownictwo poparło pakt Ribbentrop-Mołotow i odeszło od antyfaszyzmu. CPUSA rozpętała nową kampanię ataków na Roosevelta i sprzeciwiała się amerykańskim programom pomocy dla aliantów. Takie przedsięwzięcia oficjalnie usprawiedliwiano pacyfizmem. Działania CPUSA przyczyniły się do odwrócenia się od partii większości środowisk liberalnych. Rok później Earl Browder wystartował w wyborach prezydenckich. Jako że zakazano mu podróżowania po kraju, jego kampania ograniczyła się do wydawania pisemnych oświadczeń i dystrybucji nagranych przemówień. Komunistyczny kandydat zdobył jedynie 46 tysięcy głosów. Jeszcze w tym samym roku CPUSA oficjalnie zrezygnowała z członkostwa w Kominternie (był to krok taktyczny).
Po ataku Niemiec na ZSRR amerykańska opinia publiczna zaczęła przychylniej patrzeć na komunizm. Sama CPUSA powróciła do taktyki Frontu Ludowego i udzieliła poparcia Rooseveltowi. W 1942 liczba członków partii osiągnęła 85 tysięcy. Pod koniec wojny prokomunistyczne związki zawodowe liczyły ponad milion członków. W 1944 Earl Browder ogłosił, że możliwe jest pokojowe współistnienie komunizmu i kapitalizmu. Poglądy i działania Browdera wzbudziły zaniepokojenie pośród komunistów w USA, jak i poza granicami kraju. W 1945 został on odwołany ze stanowiska. Jego następcą został William Foster.