22 czerwca 2006 odbyło się spotkanie księdza Zaleskiego z kardynałem Stanisławem Dziwiszem, po którym hierarcha zapewnił, że ksiądz Zaleski może kontynuować swoje badania. Jednak kilka miesięcy później arcybiskup ponownie zdyscyplinował kapłana. 17 października ks. Isakowicz-Zaleski otrzymał od arcybiskupa polecenie powstrzymania się od publicznych wypowiedzi o kontaktach i współpracy niektórych duchownych ze Służbą Bezpieczeństwa. W opinii krakowskiej kurii ksiądz Isakowicz-Zaleski „poważnie nadużył zaufania”, a jego działalność „wypacza obraz kapłana”. Sam ksiądz ogłosił gotowość do podporządkowania się decyzji kurii. Decyzja władz archidiecezji wywołała kontrowersje wśród komentatorów życia Kościoła katolickiego w Polsce. 13 października 2006 ksiądz Isakowicz-Zaleski dowiedział się również, że wygasły jego uprawnienia duszpasterza Ormian, które jednak przywrócono mu miesiąc później.