Jednak w 592, po pięciu latach rządów, Sushun został otruty przez członków |rodu Soga.
Po śmierci Sushuna wszystko wskazywało na to, że znów wybuchnie spór o nowego cesarza między Soga a Mononobe. Dwór postanowił temu zapobiec i krótko po śmierci Sushuna, w 592 38-letnia Suiko została intronizowana na cesarzową–władczynię. Tym samym została pierwszą kobietą na japońskim tronie w historii. Jej intronizacja była wydarzeniem przełomowym. Shōtoku, syn cesarza Yōmei, został wybrany przez Suiko na następcę tronu i w późniejszych latach jej panowania sprawował funkcję regenta.
Suiko jako cesarzowa-władczyni Okres panowania Suiko jest pokazywany jakoby to ród Soga i książę Shōtoku sprawowali rzeczywistą władzę. Suiko jednakże odgrywała bardzo ważną rolę. Kiedy w 624 chciano nadać Soga-no-Umako ziemię nazwaną Kazuraki-no-Agata na własność, Suiko stanowczo odmówiła i nie zrobiono tego, co daje przykład jej niezależności od wpływów rodów arystokratycznych.