Ostatecznie nie wygrał tego wyścigu, przegrywając etap czasowy z Bierzinem, ale pokonał wówczas wielu bardziej utytułowanych od niego zawodników, np. Induraina.
Miesiąc później zadebiutował w Tour de France. Zanim peleton dojechał do Pirenejów, na etapie jedenastym Pantani stracił już 15 min. 19 sek. do prowadzącego Induraina. Później atakował na każdym z górskich odcinków, mimo to żadnego z nich nie wygrał, bo na długo przed nim podobne próby podejmowali inni kolarze. Zajął trzecie miejsce w Hautacam – na górze położonej obok sanktuarium Lourdes – (etap 11), drugie w Luz Ardiden (etap 12), trzecie w Val Thorens (etap 17) i jeszcze jedno drugie na górskiej czasówce z Cluses do Avoriaz (etap 19). W sumie do Induraina, świętującego swój czwarty z rzędu triumf w Tourze, odrobił w drugiej części zmagań aż osiem minut. W klasyfikacji generalnej tego wyścigu zajął trzecią pozycję, przegrywając jeszcze z Łotyszem Piotrem Ugriumowem. Przezwany „Piratem”, ze względu na niebezpieczny styl zjeżdżania oraz zakładanie bandany i kolczyka, Pantani wygrał klasyfikację młodzieżową Tour de France, prowadzoną dla kolarzy do lat 25.