Ostatecznie, w swym drugim starcie w „Wielkiej Pętli” zajął dopiero trzynastą lokatę.

Start we wrześniowej Vuelta a España, z której się wycofał przed siedemnastym etapem, był dla niego tylko przetarciem przed Mistrzostwami Świata w Kolarstwie Szosowym 1995 na stworzonej dla górali trasie w kolumbijskiej Duitamie. Za oceanem wywalczył brązowy medal ulegając tylko dwójce hiszpańskich Basków: Abrahamowi Olano i Indurainowi.

Tuż po powrocie do Europy zderzył się na zjeździe w końcówce semi-klasyku Mediolan-Turyn z samochodem jadącym wbrew zakazowi pod prąd ruchu kolarzy. Z szeregu obrażeń najpoważniejszym było bardzo skomplikowane złamanie lewej nogi. Rehabilitacja trwała ponad rok, przez co Pantani nie powrócił już do poważnego ścigania w barwach Carrery. Ta zasłużona dla zawodowego kolarstwa grupa wycofała się ze sponsoringu z końcem sezonu 1996, a dochodzący do zdrowia „Pirat” we wrześniu owego roku zdołał się jeszcze pojawić się w jej barwach na starcie 53. Tour de Pologne, lecz sił starczyło mu tylko na niespełna dwa dni rywalizacji.