Na szczęście, w przeciwieństwie do roku 1995 tym razem zdołał przygotować nie tylko wysoką, ale i bardziej stabilną formę na Tour de France. Podczas „Wielkiej Pętli” w Pirenejach zajął trzecie miejsce w Loudenville, za kolarzami Festiny: Laurentem Brochardem i Richardem Virenque oraz drugie w Andorze na górze Arcalis, za Niemcem Janem Ullrichem. Po czasówce wokół Saint-Étienne – a więc jeszcze przed Alpami – było już niemal pewne, że generalnym triumfatorem tego wyścigu zostanie młody „Kaiser” z Rostocku, czyli Jan Ullrich. Pantani w Alpy wjechał na piątym miejscu, lecz dzięki zwycięstwom na etapach trzynastym i piętnastym, tj. do L’Alpe d’Huez i Morzine, a także kryzysowi obrońcy tytułu Duńczyka Bjarne Riisa, na etapie szesnastym do szwajcarskiego Fryburga zdołał awansować na podium. Podobnie jak trzy lata wcześniej ukończył Tour de France na trzeciej pozycji, bowiem lepsi od niego okazali się Ullrich i Virenque.
Najlepszy sezon '98 Giro d’Italia '98 Pantani zaczął sezon 1998 od trzeciego miejsca i zwycięstwa etapowego w hiszpańskiej Vuelta a Murcia oraz czwartej lokaty w Giro del Trentino, stanowiącej dla niego poważne przetarcie przed wielkim Giro d’Italia.