W wyścigu Dookoła Włoch najpierw przez ponad dwa tygodnie toczył zaciętą walkę z Pawłem Tonkowem i Szwajcarem Alexem Zülle. W tym czasie wygrał etap czternasty do stacji Piancavallo i był drugi na odcinku jedenastym do San Marino, za Andrea Noe'm. Prowadzenie w wyścigu objął po etapie siedemnastym, prowadzącym przez słynne przełęcze: Fedaia-Marmolada i Pordoi do miejscowości Selva Val di Gardena. Ukończył go na drugiej pozycji, za współtowarzyszem ucieczki Giuseppe Guerinim, a dzień później dał się ubiec Tonkowowi na finiszu w Alpe di Pampeago.
Z walki o najwyższą stawkę wypadł Zülle, lecz Tonkow do końca się nie poddawał. Na ostatnim górskim etapie, dziewiętnastym do Plan di Montecampione, Pantani zaatakował już u podnóża blisko 20-kilometrowego finałowego podjazdu. Tylko Tonkow wytrzymał ten atak i kilka kolejnych, lecz musiał się ostatecznie poddać na 2,5 kilometra przed metą. Pantani zdołał nad nim nadrobić 57 sekund (trzeci Guerini stracił aż 3:16) i powiększył swą przewagę nad „Kozakiem” do minuty i 28 sek.