O zwycięstwie decydują statystyki, typ, ataki, a także szczęście. Po znokautowaniu lub wycofaniu jednego z Pokémonów trenera wystawia on do walki następnego (Można mieć maksymalnie 6 Pokémonów przy sobie – resztę przechowuje się w komputerach znajdujących się w budynkach Pokémon Center). Na każdą turę przypada jeden atak lub wycofanie Pokémona albo użycie jednego przedmiotu przez trenera. Walka kończy się złapaniem dzikiego stworka, znokautowaniem jednej ze stron, lub ucieczką (w przypadku walki dwóch trenerów dopuszczalna jest tylko druga opcja). Pokonane/zmęczone Pokémony można po walce przywrócić do zdrowia w budynkach Pokémon Center lub za pomocą przedmiotów. Do pokonania niektórych przeszkód na mapie potrzebne są Pokémony z odpowiednimi atakami, np. aby przeciąć drzewo blokujące drogę, należy użyć ataku Cut (cięcie). W grze można znaleźć wiele ukrytych przedmiotów, można je także kupować w sklepach za pieniądze zdobywane w walkach.