Genom S. cerevisiae był pierwszym organizmem eukariotycznym, dla którego poznano kompletną sekwencję genomu (Yeast Genome Project). Powstała wskutek tego projektu baza danych jest narzędziem wielu dziedzin nauki, służącym do rozwijania wiedzy o mechanizmach i organizacji komórek eukariotycznych. Podobną bazą danych jest baza Munich Information Center for Protein Sequences, także będąca pokłosiem YGP.
Genom drożdży znajduje się na 16 chromosomach i zawiera 12,05 miliona par zasad i 6183 genów. Zawartość par glutamina-cytozyna (GC) stanowi około 38,3%, a liczba genów kodujących białka wynosi około 6000. Funkcja niektórych z nich nie jest jeszcze znana i jest przedmiotem licznych badań. Są 274 geny kodujące tRNA, a geny rRNA występują w 150 tandemowych powtórzeniach na chromosomie nr 12. Genom mitochondrialny jest kolisty, ma wielkość 85 779 par zasad, zawiera 17,1% par GC i są w nim dość liczne introny. Genom drożdży jest bardzo zwarty, gdyż geny stanowią 72% genomu. Około 4% genomu składa się z intronów. Wśród genów kodujących białka 11% steruje metabolizmem, 3% produkcją i magazynowaniem energii, 3% replikacją DNA, 7% transkrypcją, 6% translacją. W transporcie wewnątrzkomórkowym bierze udział prawie 430 białek, a 250 białka pełnią role strukturalne.