W związku z tym w 1622 zakupiono w Grodnie dom misyjny, w którym zamieszkali pierwsi Jezuici.
Budowę zabudowań jezuickich podjęto w 1647 roku pod koniec panowania króla Władysława IV i w 1650 roku otworzono kolegium ze szkołą, jednak dalszą budowę przerwano w 1654 po wybuchu wojny polsko-rosyjskiej. Pierwszy kościół pw. śś. Piotra i Pawła zbudowano około 1654 z fundacji proboszcza Franciszka Dołmat-Isajkowskiego. W listopadzie 1654 do Grodna przyjechał król Jan Kazimierz, aby w obliczu zagrożenia ze strony wojsk rosyjskich ciągnących na zachód, pogodzić zwaśnionych hetmanów Janusza Radziwiłła i Wincentego Gosiewskiego. Król modlił się w kościele jezuitów. Obrona Grodna jednak nie powiodła się i wojska moskiewskie zajęły miasto, które opuściły w 1659.
thumb|240px|Wnętrze katedry św. Franciszka Ksawerego w Grodnie thumb|240px|Figura Chrystusa przed wejściem thumb|240px|Katedra na tle zabudowy miejskiej W 1660 jezuici powrócili do swojej rezydencji wznawiając po 1662 budowę murowanego kościoła pw. śś. Piotra i Pawła (po 1700 roku zamieniono go na szkołę). W 1664 zakon otrzymał w darze cudowny obraz Matki Boskiej przywieziony z Rzymu przez księcia Albrychta Radziwiłła.