Obraz ten, namalowany w stylu wczesnego baroku, został umieszczony w ołtarzu kongregacyjnym studentów i od tego momentu zaczęto nazywać go „Matką Boską Studencką”.
W 1674 roku rozpoczęto kopanie fundamentów pod obecny kościół św. Franciszka Ksawerego, a w 1675 roku biskup wileński Mikołaj Słupski poświęcił kamień węgielny. W 1691 roku przykryto dachem prezbiterium. 26 grudnia 1699 powracający do Saksonii król August II Mocny zatrzymał się w Grodnie i zwiedzał kościół i kolegium jezuickie.
W listopadzie 1705 król był jeszcze raz w Grodnie uczestnicząc w tzw. radzie grodzieńskiej. Razem z carem Piotrem I wziął udział w poświęceniu kościoła jezuickiego przez biskupa chełmińskiego Teodora Potockiego (obecny kształt świątynia uzyskała w latach 1678–1705Tadeusz Chrzanowski „Kresy, czyli obszar tęsknot”, Wydawnictwo Literackie, Kraków 2010, s. 143.). Trwająca wojna ze Szwecją nie przeszkodziła jezuitom w wyposażeniu kościoła. W 1707 rzeźbiarz z Królewca Christoph Pöcher wykonał projekt ołtarza głównego i ołtarzy bocznych. Sześć z nich wykonano w Wilnie i Królewcu i przywieziono do Grodna w latach 1709 і 1715. W 1716 dostarczono dalsze cztery. W 1708 z dachów zdjęto nietrwałe dachówki i położono blachę pomalowaną na czerwono.