od tej kościół św. Franciszka Ksawerego stał się kościołem farnym.
W latach 1960–1988 kapłani nie mogli odprawiać mszy w kościele. Pomimo to w każdą niedzielę i w święta wierni gromadzili się wokół ołtarza, zapalali świece, modlili się, śpiewali pieśni religijne i urządzali procesje.
W 1988 na skutek starań ks. Tadeusza Kondrusiewicza zostało wznowione normalne życie parafialne. 25 lipca 1989 ks. Kondrusiewicz otrzymał sakrę biskupią i został ogłoszony administratorem apostolskim Kościoła na Białorusi. 8 października 1989 odbył się jego ingres do kościoła św. Franciszka Ksawerego – pierwszy ingres biskupa w historii tej świątyni.
15 grudnia 1990 papież Jan Paweł II nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej a 13 kwietnia 1991 erygował diecezję grodzieńską podnosząc jednocześnie kościół do rangi katedry.
28 sierpnia 2005, w 300-lecie konsekracji bazyliki katedralnej, odbyła się uroczystość koronacji koronami papieskimi obrazu Matki Bożej Kongregackiej (Studenckiej). Obraz ten, będący kopią obrazu Matki Bożej Śnieżnej z rzymskiej bazyliki Sancta Maria Maggiore, jest otaczany czcią wiernych od II poł. XVII w.
W lecie 2006 w ołtarzu wybuchł pożar.