W 1729 roku w kościele rozpoczęto obrady sejmu.
W latach 1736–1737 Jan Szmitt z Reszla zbudował i ustawił w kościele ołtarz główny, który sfinansował kasztelan mścisławski Samuel Łazowy z małżonką Konstancją. W latach 1750–1752 nadbudowano wieże o jedno piętro i ozdobiono na nowo wnętrze; zbudowano ambonę i wykonano 14 fresków przedstawiających sceny z życia patrona kościoła, św. Franciszka Ksawerego. W 1761 gdański złotnik Chrystian van Hausen wykonał srebrne ramy dla obrazu Matki Boskiej Studenckiej. W 1765 ukończona została kopuła na skrzyżowaniu naw i prawdopodobnie hełmy wież. W 1768 w niszach fasady ustawiono figury św. Franciszka Ksawerego, św. Piotra i św. Pawła, które wykonał Georgius Gis.
W listopadzie 1774 jezuitom ogłoszono brewe kasacyjne Dominus ac Redemptor wydane przez papieża Klemensa XIV. W 1782 ich kościół stał się kościołem farnym. Kościół i zabudowania klasztorne przejęła Komisja Edukacji Narodowej. W 1782 przeniesiono do kościoła św. Franciszka Ksawerego odprawianie nabożeństw parafialnych z fary Witoldowej, uszkodzonej w wyniku pożaru;