Justus Decjusz stopniowo powiększał swój majątek osobisty. W Krakowie kupił Kamienicę Karniowską, czyli „Pod Barany”, która od XVIII wieku wchodziła w skład „pałacu Pod Barany” powstałego z połączenia dwóch sąsiednich kamienic. Zakupił dom w Toruniu, dobra na Śląsku i Księstwie Świdnickim m.in. kopalnię miedzi w miejscowości Kupferberg (obecnie Miedzianka), zamek Bolczów, wsie Janowice i Waltersdorf. Decjusz był również właścicielem kopalń m.in. ołowiu i srebra w Olkuszu. W roku 1528 kupił część Przegorzał i Wolę Chełmską pod Krakowem (obecnie dzielnica miasta nazywana Wolą Justowską), i przy pomocy włoskich architektów wybudował tam podmiejską willę. Rezydencja była gotowa w roku 1535, stając się miejscem spotkań przedstawicieli różnych narodowości i kultur, wymiany poglądów i twórczej konfrontacji przekonań.
Obecnie w kompleksie historycznym Willa Decjusza prowadzi działalność Stowarzyszenie, w którego skład wchodzą znane osobistości ze świata nauki, gospodarki i kultury, a od 2019 roku Instytut Kultury Willa Decjusza, gminna instytucja kultury zajmująca się promocją i ochroną dziedzictwa kulturowego Miasta Krakowa.
Zmarł w 1545 w Krakowie, a miejsce jego pochówku pozostaje nieznane. Miał synów: Josta Decjusza (ok. 1520–1567), Jana (zm. 1553) i Ludwika (zm.