Udział w chrystianizacji miejscowej ludności miały klasztor na wyspie Wałaam i na Wyspach Sołowieckich. Dawni karelscy przywódcy tworzyli warstwę bojarów, która do XVI wieku uległa rusyfikacji, a cieszący się dotychczas wolnością osobistą chłopi popadli w zależność pańszczyźnianą. Ewenementem był fakt, iż rolę panów feudalnych odgrywali najczęściej nie możni posiadacze ziemscy, lecz klasztory prawosławne.
W składzie państwa rosyjskiego thumb|250px|right|Cerkiew na wyspie Kiży - przykład starej karelskiej architektury sakralnej W 1478 Karelia wraz z innymi ziemiami dotychczas wchodzącymi w skład Nowogrodu weszła w skład państwa rosyjskiego.
W końcu XVI w. ponownie rozpoczęła się szwedzka ekspansja na ziemie Karelii. W 1581 Szwedzi zdobyli Käkisalmi (Korela) i zajęli cały Przesmyk Karelski, a także pewne inne obszary, na których pozostawali do roku 1595, kiedy to ziemie te odzyskała Rosja na mocy traktatu w Täyssinä. Jednak już po 16 latach, w 1611, po sześciomiesięcznym oblężeniu twierdza Koriela padła ponownie. W traktacie pokojowym z 1617 zwanym pokojem stołbowskim Rosja zmuszona była odstąpić Szwecji całość ziem Przesmyku Karelskiego, a także pewne inne obszary, co pociągnęło za sobą przesiedlenia dużej liczby Karelów na terytorium państwa rosyjskiego. Szacuje się, iż swoje domy opuściło około połowy wszystkich Karelów.