thumb|Twierdza Wilhelmsburg W 1802 r. zostało wcielone do Bawarii, a w 1810 do Wirtembergii.
W dniach od 8 do 15 października 1805 oddziały francuskiej Wielkiej Armii pod dowództwem Napoleona stoczyły zwycięską bitwę z wojskami austriackimi, którym przewodził generał .
Ziemie po drugiej stronie Dunaju pozostały bawarskie, co doprowadziło do narodzin Neu-Ulm. Wkrótce, w 1819 roku, stało się siedzibą powiatu Donaukreis, obejmującego teren kilkunastu obecnych powiatów. Otwarcie linii kolejowej ze Stuttgartu do Friedrichshafen w 1850 r. tchnęło w 12-tysięczne miasto nowe życie. W 1854 r. wybudowano most przez Dunaj. Ruszyła budowa twierdzy, liczącej 41 fortów (największa zachowana w Europie), zabrano się także za dokończenie budowy Ulmer Münster. Przez 4 lata, do 1889 roku (ukończenie budowy wieży Eiffla) była najwyższym budynkiem na świecie, ciągle jednak może się poszczycić najwyższą wieżą kościelną na świecie (161,5 metra).
W 1913 roku miasto liczyło już 60 tys. mieszkańców, z czego 10 tys. żołnierzy. Duże znaczenie miał również przemysł: to tu powstały pierwsze fabryki (sprzęt strażacki), (odlewnie) i (przemysł samochodowy).