Inni schronili się w Międzynarodowych Strefach Bezpieczeństwa. 13 grudnia Japończycy wkroczyli do Nankinu. Rozpoczęła się rzeź jeńców wojennych i ludności cywilnej.
Rzeź miasta Przez prawie sześć tygodni w mieście grupy zdemoralizowanych i pijanych żołnierzy siały powszechny terror. Również dowódcy japońscy nie mieli zamiaru położyć kresu rzezi.
Egzekucje Japończycy potraktowali mieszkańców miasta z niezwykłym okrucieństwem. W niektórych przypadkach (dotyczy to głównie wziętych do niewoli żołnierzy chińskiej armii rządowej) egzekucje były przeprowadzone na wyraźny rozkaz. Według niektórych danych zmasakrowano ok. 100 tys. chińskich jeńców wojennych. Większość z nich została rozstrzelana nad brzegami rzeki Jangcy, za pomocą karabinów maszynowych. Wrzucone do rzeki zwłoki płynęły z prądem aż do Szanghaju. Jednak to ludność cywilna poniosła najwięcej ofiar. Japończycy urządzali nawet zawody polegające na ścinaniu głów samurajskim mieczem. Inną formą egzekucji było zakłuwanie bagnetem. Żołnierze ćwiczyli w ten sposób pchnięcie bagnetem, zarówno na żywych ludziach, jak i na zwłokach. Inne ofiary zginęły wskutek podpalenia lub zakopywania żywcem.