Rząd Japonii oficjalnie przeprosił za ten incydent.
Debata Masakra ludności Nankinu jest jedną z największych zbrodni, jakiej dopuścili się Japończycy. Została nagłośniona, gdyż popełniono ją w ówczesnej stolicy Chin na oczach zagranicznych świadków. Niemniej, podobną taktykę Cesarska Armia Japońska stosowała w innych częściach kraju, np. w Changsha. Rzeź nankińska była tylko jedną ze zbrodni popełnianych w samych Chinach oraz w Południowo-Wschodniej Azji i na Pacyfiku. Japońskie wojska wielokrotnie praktykowały taktykę spalonej ziemi (jap. Sankō Sakusen), czego skutkiem były ogromne zniszczenia.
Dokładna liczba ofiar do dziś jest przedmiotem sporów, rzutujących na stosunki chińsko-japońskie. Japońscy negacjoniści sprowadzają tę liczbę do kilku tysięcy, a nawet kilkuset ofiar. Japońskie dokumenty informują o 227,4 tys. pogrzebanych ofiar. Przypuszcza się jednak, że resztę ciał pogrzebały rodziny lub spalili na stosie japońscy żołnierze. Iris Chang w pracy The Rape of Nanking. The Forgotten Holocaust of World War II (Nowy Jork, 1997) przypuszcza, że po uwzględnieniu tych ofiar łączna liczba zamordowanych wyniesie około 350 tysięcy.