Francuski historyk Jean-Louis Margolin, w swej pracy o japońskich zbrodniach wojennych, uważa, że ofiarami Japończyków w Nankinie padali głównie chińscy jeńcy – ok. 30–60 tys. Liczba ofiar po stronie cywilów sięgnęła natomiast 20–30 tys. Łączna liczba ofiar sięga zatem 50-90 tys., z czego aż 95% stanowili mężczyźni. Zdaniem Margolina trudno zatem mówić o „rzezi” mieszkańców miasta. Była to raczej operacja polegająca na wyłapywaniu i zabijaniu mężczyzn, którzy mogli ewentualnie stawić zbrojny opór. Cywile nie byli zabijani planowo, lecz ginęli w obronie rabowanego dobytku lub kobiet. Zdarzało się, że Japończycy zabijali ofiary gwałtów, ale nie działali metodycznie.
Nankin stał się później stolicą , rządzonego przez chińskiego kolaboranta Wang Jingweia. Po zakończeniu II wojny chińsko-japońskiej i wojny na Pacyfiku wielu zbrodniarzy odpowiedzialnych za masakrę zostało postawionych przed Międzynarodowym Trybunałem Do Spraw Dalekiego Wschodu w Tokio pod zarzutem dopuszczania się zbrodni przeciwko pokojowi, zbrodni wojennych i zbrodni przeciwko ludzkości.