W latach 1951–1960 był członkiem Wojewódzkiej Komisji Związków Zawodowych, a od 1954 Centralnej Rady Związków Zawodowych.

Okres warszawski mały|Grób Jana Mariana Kaczmarka na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach, 23 czerwca 2012 Od 22 grudnia 1968 był przewodniczącym Komitetu Nauki i Techniki w czwartym rządzie Józefa Cyrankiewicza oraz rządzie Józefa Cyrankiewicza i Piotra Jaroszewicza – wprowadził system krajowych programów badawczo-rozwojowych, rozwijał kontakty nauki polskiej z nauką krajów ówczesnych krajów zachodnich. W 1971 został członkiem rzeczywistym PAN i podjął pracę w Instytucie Podstawowych Problemów Techniki PAN. Tytuł profesora zwyczajnego otrzymał w 1972. W listopadzie 1973 został prezesem Międzynarodowego Stowarzyszenia Naukowego Technologii Mechanicznej. W latach 1972–1974 stanął na czele nowo utworzonego Ministerstwa Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki. Przez trzy kadencje (od 1972 do 1980) pełnił funkcję sekretarza naukowego Polskiej Akademii Nauk. Zajmował się m.in. budową i uruchomieniem polskiej stacji badawczej na Antarktydzie oraz programem rozbudowy Stacji Naukowych PAN w Paryżu, Rzymie, Wiedniu, Moskwie, Londynie i Madrycie).