Jeszcze w tym samym roku Laterna opuszcza mury Akademii Krakowskiej i rozpoczyna naukę w Szkole Prymasowskiej w Kaliszu. W Kaliszu Laterna studiował przez cztery lata przedmioty humanistyczne, retorykę, dialektykę oraz grekę. Szkoła ta słynęła wówczas z nauki retoryki oraz katechetyki, która przygotowywała do obrony wiary katolickiej przed innowiercami. Renomę szkoła zawdzięczała dzięki znakomitym profesorom oraz opiece arcybiskupa Uchańskiego. Do grona profesorów Laterny należeli tam m.in. rektor Wojciech Mroskowski (który to sam zaproponował uzdolnionemu Laternie przeniesienie się z Krakowa) oraz Benedykt Herbest. Profesorowie ze szkoły Prymasowskiej w Kaliszu otrzymywali liczne i ożywione kontakty z jezuitami z Braniewa i z Pułtuska, byli zafascynowani działalnością nowego zakonu i wprowadzali w kaliskiej uczelni elementy systemu pedagogicznego stosowanego w szkołach jezuickich. 5 września 1569 roku Szkołę Prymasowską w Kaliszu odwiedził kardynał Stanisław Hozjusz. Na powitanie kardynała Hozjusza przygotowano uroczystą akademię. Do wygłoszenia mowy powitalnej rektor Mroskowski wybrał spośród grona uczniów Laternę. Treść przemowy, wygłoszona piękną łaciną, zrobiła zarówno na kardynale, jak i na wszystkich obecnych duże wrażenie.