W 1569 wraz z profesorami szkoły udał się na rekolekcje do Braniewa. Tu zrodziła się myśl o wstąpieniu do Towarzystwa Jezusowego. Ostatecznie podjął decyzję w kilka miesięcy po powrocie do Kalisza, około Bożego Narodzenia 1969 roku.
17 kwietnia 1570 Marcin Laterna opuścił Kalisz i udał się do Pułtuska, gdzie rezydował wiceprowincjał Franciszek Sunyer, do którego należało ostateczne słowo w sprawie przyjmowania kandydatów do zakonu. Sunyer poddał Laternę egzaminowi, który przechodzili wszyscy kandydaci ubiegający się o przyjęcie do zakonu. Po tej rozmowie-egzaminie wysłał Laternę wraz z trzema innymi kandydatami celem odbycia nowicjatu do zakonu w Braniewie, dokąd Laterna dotarł wraz z pozostałymi towarzyszami podróży 28 kwietnia. Od 28 kwietnia do 10 maja 1570 roku przechodził w zakonie okres tzw. kandydatury, zwany też pierwszą probacją. 11 maja 1570 magister nowicjatu Robert Abercrombie poddał Laternę egzaminowi, po którym został on przyjęty do Towarzystwa Jezusowego.
W myśl założeń św. Ignacego Loyoli nowicjat stanowi wstęp do życia zakonnego i trwa dwa lata, jednak Laterna po zaledwie ośmiu miesiącach pobytu w braniewskim nowicjacie złożył prośbę o dopuszczenie do pierwszych ślubów zakonnych.