Prośbę rozpatrzono pozytywnie i 31 grudnia Marcin Laterna złożył śluby zakonne ubóstwa, czystości i posłuszeństwa.
Po ukończeniu nowicjatu Laterna wraz z sześcioma współnowicjuszami został skierowany przez Sunyera na studia filozoficzne do Wilna. W towarzystwie wiceprowincjonała Sunyera młodzi jezuici 25 września 1571 opuszczają Braniewo i na początku października docierają do Wilna. Od 1571 studiował filozofię na Akademii Wileńskiej. Rektorem kolegium wileńskiego i jednocześnie przełożonym Laterny był wówczas jezuita Stanisław Warszewicki. Po ukończeniu w 1575 Wilnie kursu filozofii oraz studium przedmiotów teologicznych prowincjał Sunyer wysłał Laternę z powrotem do Braniewa, teraz już jednak w roli nauczyciela. Tu przez trzy lata (1575–1578) sprawował funkcję profesora nauk humanistycznych (humaniorów) w kolegium jezuickim w Braniewie (Collegium Hosianum), ucząc syntaksy, poetyki i retoryki. W 1576 przyjął z rąk biskupa chełmińskiego Piotra Kostki święcenia diakonatu. Jesienią 1576, mając zaledwie 24 lata, pełnił przez parę miesięcy funkcję kaznodziei królewskiego na dworze przebywającego wówczas w Malborku i Toruniu króla Stefana Batorego. Laterna głosił kazania przed Stefanem Batorym po łacinie, natomiast dla dworzan po polsku.