Wskutek intryg Liwii i zazdrosny o wpływy Marcellusa, ostentacyjne opuścił Rzym, przyjmując namiestnictwo Syrii, choć funkcję tę sprawował rezydując na greckiej wyspie Lesbos. Po śmierci Marcellusa, męża Julii, córki Augusta, Oktawian wezwał go ponownie do Rzymu i dla bliższego związku z nim nakazał mu rozwód z Marcelą oraz (za radą Mecenasa) poślubienie w 21 p.n.e. Julii, wdowy po Marcellusie. W 19 p.n.e. Agrypa stłumił powstanie Kantabryjczyków w Hiszpanii, w 17 p.n.e. ponownie był namiestnikiem Syrii, gdzie zyskał uznanie za swoje rządy. Zmarł w Kampanii w 12 p.n.e. w wieku 51 lat. August uhonorował go wspaniałym pogrzebem i pochówkiem w Mauzoleum Augusta, a jego synowie (zmarli w młodym wieku), Gajusz Cezar i Lucjusz Juliusz Cezar, zostali adoptowani przez Oktawiana Augusta.
Agrypa był również geografem. Stworzył mapę geograficzną ówczesnego świata, którą Oktawian August kazał umieścić w Portyku Wipsanii. Do mapy tej Agrypa miał sporządzić komentarz geograficzny, zawierający zapewne dane dotyczące granic i odległości. Napisał też autobiografię. Nic z jego twórczości nie zachowało się do naszych czasów.