Podatek naliczony przy zakupie towarów i usług jest więc dla niego kosztem uzyskania przychodu.
Podatnik stosujący stawkę zerową dokonuje sprzedaży opodatkowanej, tyle tylko, że stawką 0%, zatem może dokonać odliczenia podatku naliczonego przy zakupie towarów i usług dotyczących tej sprzedaży, bowiem jest ona opodatkowana. Może, w związku z tym, zażądać od urzędu skarbowego zwrotu całości podatku naliczonego. Zwrot podatku nadwyżki podatku naliczonego nad należnym następuje w terminie 180 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej VAT-7. W terminie krótszym tzn. w ciągu 60 dni można ubiegać się o zwrot w wysokości odpowiadającej 23% wartości sprzedaży opodatkowanej stawkami niższymi niż 23%. W szczególnych przypadkach opisanych ustawą terminem podstawowym jest 60 dni, a skróconym 25 dni.
Stawka zerowa VAT występuje: w obrocie krajowym, w obrocie pomiędzy polskim płatnikiem podatku VAT (zarejestrowanym jako podatnik VAT UE), a podatnikiem unijnym niebędącym polskim płatnikiem podatku VAT, w dokonywanym przez dostawcę eksporcie towarów (wywóz towarów z terytorium kraju poza terytorium Wspólnoty Europejskiej).