Stanisław Pancerius ufundował sukienkę z klejnotami, zdobiącą obraz Matki Boskiej Łaskawej. 1642 – erygowano Arcybractwo Różańcowe. 1647 – sprowadzono z katedry wawelskiej w Krakowie renesansowy ołtarz, który w XVIII wieku został przeniesiony z Kielc do Bodzentyna (znajduje się tam do dziś). 1710 – budowa ołtarzy św. Jana Kantego i św. Antoniego. 1719 – bp krakowski Kazimierz Łubieński wydał polecenie rozbiórki dwóch średniowiecznych wież i rozpoczęcie prac nad przebudową kościoła. Jego ideę kontynuował brat Bogusław wraz z ks. kanonikiem Weysem. Wyrównano wysokość sklepień, ujednolicono wygląd naw bocznych, poszerzono i wydłużono prezbiterium dobudowując od południa zakrystię, a od północy kapitularz ze skarbcem; obłożono część zewnętrznych murów ciosem kamiennym ze starego romańskiego kościoła. 10 kwietnia 1728 – konsekracja kolegiaty oraz połączenie jej krytym przejściem z Pałacem Biskupów Krakowskich i kościołem św. Trójcy. 1730 – Szymon Czechowicz, artysta malarz, namalował obraz Matki Boskiej Wniebowziętej – centralną część ołtarza głównego. 1726–1765 – krakowscy rzeźbiarze wykonali ołtarz główny oraz większość ołtarzy bocznych, ławki, ambony i loże biskupie. 1793 – pierwsze, a zarazem ostatnie przed rozbiorami obrady Sejmiku Ziemskiego woj.