Usunięto zewnętrzne tynki, zstępując je nowymi o szlachetnej fakturze, przebudowano gzymsy i ozdobiono metodą sztukateryjną sklepienia w pierwszych trzech przęsłach naw. Podwyższono poziom ołtarza głównego. Antoni Strzałecki wraz z braćmi ozdobił świątynię polichromią. 1894–1895 – na przedłużeniu nawy północnej, wzniesienie Kaplicy Pana Jezusa kosztem kapitularza. 1898 – krakowscy artyści Stefan Matejko, Franciszek Bruzdowicz, Kasper Żelechowski, Leonard Strojnowski i kierujący pracami Piotr Niziński pokryli wnętrza katedry polichromią. 1912–1914 – zainstalowano nowe organy, przebudowano chór muzyczny, sklepienia prezbiterium oraz położono w nim nową polichromię. Przemalowanie Kaplicy Pana Jezusa (Franciszek Nowakowski). 1939 – pokryto część dachu świątyni blachą miedzianą. 1945–1948 – pokryto resztę dachu oraz wybito od południa nowe wejście i przyozdobiono je marmurowym portalem. 1949 – wzmocnienie absydy prezbiterium. 1950–1951 – konserwacja polichromii. 1953 – odnowiono ambonę i odnowiono ołtarz św. Jana Kantego. 1955 – przyozdobienie świątyni Tryptykiem Łagiewnickim. 28 września 1971 – uroczyste obchody 800-lecia świątyni.