30 kwietnia 1993 gdański port stał się spółką prawa handlowego Port Lotniczy Gdańsk Sp. z o.o., której właścicielami są głównie miejscowe władze samorządowe: województwo pomorskie (31,45%), Gdańsk (29,45%), Gdynia (1,14%), Sopot (0,35%) oraz Przedsiębiorstwo Państwowe „Porty Lotnicze” (37,61%). 4 września 1994 roku na lotnisku zorganizowano pokazy lotnicze Air Show Gdańsk. 4 sierpnia 1997 oddano do użytku nowy większy terminal pasażerski T1. Nazwę lotniska zmieniono wówczas z Rębiechowa na Gdańsk-Trójmiasto. W 1999 oddano do użytku nową wyższą wieżę kontrolną. Na przełomie wieków liczba pasażerów wzrosła ponownie do kilkuset tysięcy, przekraczając 400 tysięcy w 2004, po wejściu linii niskokosztowych oraz niemieckiej Lufthansy.
W 2004 nadano mu imię dawnego przewodniczącego NSZZ Solidarność i Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Wałęsy.
W 2006 zarząd lotniska w Gdańsku podpisał z władzami wojskowymi umowę o powierzeniu mu planowanych funkcji cywilnych na wojskowym lotnisku Gdynia-Oksywie we wsi Kosakowo.
19 października 2006 po raz pierwszy gdański port lotniczy osiągnął liczbę miliona pasażerów w ciągu jednego roku – odprawiono ich 1,25 mln.