W 1998 roku wywalczył mistrzostwo Kolumbii (w mistrzowskim sezonie rozegrał 48 meczów i strzelił 6 goli), a rok później miał już nieco mniejszy udział przy awansie tego klubu do finału Copa Libertadores.
Club Atlético River Plate W lecie 1999 roku Yepes przeniósł się do Argentyny, do jednego z najbardziej utytułowanych klubów w Ameryce Południowej, River Plate. Spotkał tam między innymi swojego rodaka Juana Pabla Ángela oraz wschodzące gwiazdy argentyńskiej piłki, Javiera Saviolę czy Pabla Aimara. W Primera División zadebiutował już w 1. kolejce, 7 sierpnia 1999 w wygranym 4:1 meczu z Instituto Cordoba. W 7. kolejce natomiast zdobył swojego pierwszego gola na argentyńskich boiskach, a River pokonało na Estadio Monumental 3:1 Club Atlético Lanús. W całym sezonie "Milionerzy" przegrali tylko dwa spotkania i wygrali zarówno fazę Apertura, jak i Clausura. Duża w tym zasługa Maria Yepesa, który był filarem linii obrony i rozegrał w całym sezonie 29 meczów i strzelił dwa gole. Rok później piłkarze River Plate stracili prymat na rzecz rywali zza miedzy, Boca Juniors, a Copa Libertadores musieli uznać wyższość meksykańskiego Cruz Azul. Yepes rozegrał 33 mecze w lidze i zdobył dwa gole.