W River Plate grał jeszcze przez pół roku (w fazie Apertura) i został wówczas wicemistrzem kraju ze swoim klubem.
FC Nantes Yepesem zaczęły się ineteresować angielskie i włoskie kluby, jednak zimą 2002 podpisał on kontrakt z klubem francuskiej Ligue 1, FC Nantes. Do Nantes przeszedł za 5,5 miliona euro i z Argentyńczykiem Mauro Cetto stworzył południowoamerykański duet środkowych obrońców. 23 stycznia 2002 przeciwko CS Sedan (0:0) rozegrał swój pierwszy mecz ligowy na francuskich boiskach. W całej rundzie wiosennej zagrał 11 meczach i z zespołem z Nantes zajął 10. pozycję w lidze. W 1. kolejce nowego sezonu (2002/2003), w wyjazdowym meczu z Olympique Marsylia zdobył swojego pierwszego gola w Ligue 1, a Nantes wygrało ten mecz 2:0. W całym sezonie był podporą defensywy "Kanarków" i stał się jednym z najlepszych obrońców we Francji, a kibice Nantes nadali mu przydomek "El Rey" (Król). W 2003 roku zajął z tym klubem 9. miejsce kwalifikując się do Pucharu Intertoto. Po sezonie znów interesowały się nim kluby z innych krajów europejskich, ale Yepes jeszcze na sezon pozostał w Nantes i zajął z tym klubem 6. miejsce w lidze (29 meczów).