AC Milan Od sezonu 2010/2011 broni barw AC Milan. Doświadczony obrońca Chievo Werona trafił na San Siro na zasadzie wolnego transferu i podpisał dwuletni kontrakt, na mocy którego zarobi 1,6 miliona euro. Już w pierwszym sezonie gry w Mediolanie zdobył ze swoim nowym klubem mistrzostwo Włoch. 11 grudnia 2011 w ligowym meczu przeciwko Bologna FC doznał skręcenia prawej kostki i uszkodził więzadło przyśrodkowe. Leczenie i rehabilitacja potrwało kilkanaście tygodni.
Atalanta Bergamo W 2013 roku dołączył do włoskiego klubu Atalanta BC. W 2014 roku oznajmił, iż kończy karierę po Mistrzostwach Świata w Brazylii. Był to jego ostatni profesjonalny klub piłkarski w karierze.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Kolumbii Yepes zadebiutował 7 lipca 1999 roku w wygranym 2:1 meczu z Ekwadorem. W 2001 roku był członkiem kadry Kolumbii na Copa América 2001. Tam był podstawowym graczem swojej drużyny i zagrał w jej wszystkich meczach. Dotarł z nią do finału, w którym Kolumbia jako gospodarz pokonała Meksyk 1:0. Z narodową reprezentacją brał udział w nieudanych eliminacjach do Mistrzostw Świata 2002 i do Mistrzostw Świata 2006.