Paris Saint-Germain Latem 2004 Kolumbijczyk w końcu zmienił klub i został piłkarzem Paris Saint-Germain, które zapłaciło za niego około 10 milionów euro. Podpisując kontrakt do 2008 roku Yepes stał się najlepiej zarabiającym piłkarzem w Ligue 1 (250 tysięcy euro na miesiąc). W PSG zadebiutował 7 sierpnia 2004 w przegranym 1:2 wyjazdowym meczu ze Stade Rennais FC. W kolejnym meczu z SM Caen (2:2) zdobył bramkę, ale w ostatniej minucie spotkania otrzymał czerwoną kartkę. W całym sezonie PSG spisało się poniżej oczekiwań – nie wyszło z grupy Ligi Mistrzów, a do tego w lidze zajęło niską 9. pozycję. W kolejnym sezonie 2005/2006 było podobnie, jednak paryski klub z Yepesem w obronie wywalczył Puchar Francji (Mario wystąpił przez 90 minut w zwycięskim 2:1 finale z Olympique Marsylia). W całym sezonie "Super Mario" (nowy przydomek nadany przez fanów paryskiej drużyny) zdobył 4 gole w 32 meczach i obok Pedro Paulety był jednym z nielicznych graczy, do którego trener Guy Lacombe nie mógł mieć większych pretensji za słaby sezon w lidze.
Chievo Werona W 2008 dołączył do włoskiego Chievo Werona.