Wybory odbyły się w marcu i kwietniu 1797 roku i w ich wyniku rojaliści odnieśli zdecydowane zwycięstwo. W odpowiedzi na to Dyrektoriat dokonał wojskowego zamach stanu18 fructidora, gwałcąc obowiązującą konstytucję. Efektem zamachu stanu były nasilające się antyszuańskie represje, co było jedna z przyczyn wyjazdu Cadoudala do Anglii. W czasie pobytu w Londynie otrzymał awans generalski oraz najwyższe burbońskie odznaczenie - kawalerski Order Świętego Ludwika. Powrócił do Bretanii w czerwcu 1798 roku. Zajął się reorganizacją, szkoleniem i uzbrojeniem swej armii. Sformował oddział kawalerii, kompanię artylerii i służby sanitarne. Podzielił kontrolowany przez siebie obszar na dziewięć okręgów. W wyniku tych działań do połowy 1799 roku przygotował swą armię do ponownego wystąpienia przeciwko Rewolucji. 14 września 1799 roku na wielkim spotkaniu dowódców szuanerii zebrano się, aby podjąć decyzję. Przegłosowano wybuch wielkiego powstania, które rozpoczęło się 15 października 1799 roku, poprzedzone wysłaniem do Paryża ultimatum. W ciągu trzech tygodni powstanie objęło całą Bretanię. 9-10 listopada 1799 roku18-19 brumaire’a w Paryżu nastąpił kolejny zamach stanu. Napoleon Bonaparte obalił Dyrektoriat, wprowadzając Konsulat, stając na jego czele jako Pierwszy Konsul Republiki.