W wyniku walk armia powstańcza poniosła klęskę i ostatecznie została pokonana w lipcu 1795 roku. Wyjątkowe zasługi i niezwykły talent militarny Cadoudala, jaki objawił on w czasie tych walk doprowadziły do powierzenia mu przez zebranych w zamku Grandchamps dowódców rojalistowskich Morbihan, 21 sierpnia 1795 roku, stanowiska szefa sztabu głównego armii powstańczej. W październiku 1795 roku, w wieku 24 lat został jedną z najważniejszych postaci powstania. 26 października 1795 roku powstał Dyrektoriat. Nowa władza początkowo zajęła się umacnianiem swych struktur, co siłą rzeczy spowodowało, iż w kraju zapanował względny spokój. Cadoudal wykorzystał ten okres na odpoczynek, doszkolenie i dozbrojenie swych oddziałów. W tym także czasie doszedł do wniosku, iż jedyna droga do osiągnięcia ostatecznego celu, jakim miała być restauracja monarchii, prowadzi poprzez zjednoczenie wszystkich sił powstańczych pod jednym dowództwem księcia królewskiej krwi, wywodzącego się z rodziny Burbonów. Osobą najlepiej odpowiadającą planom Cadoudala był, przebywający na emigracji w Anglii, Karol hrabia d’Artois. Przyjęto jednak inny plan, a sam d’Artois i Ludwik XVIII zalecili swym poddanym chwilowe wstrzymanie działań wojennych, widząc szansę przywrócenia monarchii w wyborach do izb parlamentarnych.