Natomiast w sezonie 2006–2007 Lewski Sofia, jako pierwszy klub z Bułgarii, awansował do rundy grupowej Ligi Mistrzów.
Jednak zmiany w związku, sukcesy indywidualne piłkarzy oraz udane występy Lewskiego nie przełożyły się na wyniki reprezentacji. Drużyna narodowa przegrała eliminacje do Mundialu 2006, Euro 2008, Mundialu 2010 i Euro 2012 (tu zajęła ostatnie miejsce w grupie). Dodatkowo kryzys pogłębiany jest częstymi zmianami selekcjonerów: w ciągu czterech lat (2007–2011) funkcję trenera kadry pełniło siedmiu szkoleniowców: Christo Stoiczkow, Dimityr Penew, Płamen Markow, dwukrotnie Stanimir Stoiłow, Lothar Matthäus, Michaił Madanski i Ljubosław Penew. W tym czasie reprezentacja zanotowała także największy w historii spadek w rankingu FIFA: w kwietniu 2012 została umieszczona na 96. miejscu.
Pod wodzą Ljubosława Penewa bułgarscy piłkarze rozegrali jeszcze eliminacje do mundialu w Brazylii w 2014 roku, które ostatecznie zakończyli na czwartym miejscu z dorobkiem trzynastu punktów.