Geneza Łysenkizm był częścią szerokiej kampanii ingerencji ideologicznej w naukę, jaką prowadzono w Związku Radzieckim i krajach satelickich w czasach rządów Józefa Stalina. Ingerowano wówczas nie tylko w kierunek działalności badawczej, ale i treść nauki – począwszy od nauk humanistycznych (głównie historii), po przyrodnicze (kampanie przeciw genetyce, teorii względności, cybernetyce czy mechanice kwantowej). Naukę uznawano wówczas za jedno z pól walki klasowej. Łysenkizm miał obalić ustalenia nauki „burżuazyjnej” w zakresie genetyki i udowodnić, że organizmy żywe wykazują nieograniczoną plastyczność pod wpływem zmian środowiskowych. W okresie obowiązywania łysenkizmu za niezbędny element publikacji biologicznych uważano ich zgodność z marksizmem-leninizmem. Prace zawierające wyłącznie dane ściśle naukowe i pozbawione komentarza ideologicznego były krytykowane, a oskarżenia o indyferentyzm mogły skutkować wstrzymaniem publikacji. Jawna krytyka łysenkizmu skutkowała represjami, np. uwięzieniem, jak w przypadku Nikołaja Wawiłowa.
Łysenkizm był odpowiedzią na niepasujący do koncepcji marksizmu indywidualizm klasycznej genetyki i próbował to samo zjawisko interpretować w kategoriach bardziej kolektywistycznych i masowych.