Geologia Masy skalne, z których zbudowana jest wyspa, zostały uformowane w dewonie, około 400 milionów lat temu. Składają się one z piaskowców oraz mułowców i zlepieńców. Przez kolejne miliony lat, w wyniku powstawania uskoków oraz erozji, w centrum wyspy uformowała się leżąca na wysokości 130 metrów n.p.m. depresja zwana Christ’s Valley lub Christ’s Saddle. Znajduje się ona pomiędzy dwoma szczytami wyspy – South Peak (218 m n.p.m.) i szczytem wschodnim (185 m n.p.m.), na którym leży klasztor.
Fauna i flora Ptaki thumb|Kolonia alek zwyczajnych na Skellig Michael Na wyspie Skellig Michael oraz wyspach Blasket i Puffin znajdują się największe siedliska burzyków północnych i nawałników burzowych na świecie. Inne ptaki rozmnażające się na wyspie to nurzyki zwyczajne, fulmary zwyczajne, mewy trójpalczaste oraz maskonury zwyczajne.
Ptaki spotykane na wyspie w mniejszych ilościach to: nawałniki duże kormorany czubate mewy żółtonogie mewy srebrzyste mewy siodłate alki zwyczajne wrończyki kruki zwyczajne świergotki nadmorskie
W niektórych latach na wyspie obserwuje się także sokoły wędrowne.
Ssaki Spośród zwierząt morskich na wyspie spotyka się foki szare.
Innymi ssakami obecnymi na wyspie są myszy domowe oraz króliki europejskie, które zostały sprowadzone na wyspę przez pracowników latarni morskiej w XIX wieku.