Roślinność thumb|Porosty i niewielkie rośliny na Skellig Michael Ze względu na ciężkie warunki takie jak cienka warstwa gleby, duże nachylenie powierzchni, wysokie zasolenie gleby oraz mocne wiatry na wyspie rosną jedynie niewielkie rośliny, np. trawy, paprocie oraz porosty.
Najpowszechniejszymi gatunkami roślin na wyspie są zawciąg pospolity, Silene uniflora, Spergularia rupicola, kostrzewa czerwona, szczaw kędzierzawy i maruna nadmorska.
Przeprowadzone w 2009 roku badanie ujawniło występowanie na wyspie 128 gatunków porostów oraz dwóch gatunków grzybów naporostowych. Odkryto między innymi: jeden gatunek nie spotykany do tej pory w Irlandii i Wielkiej Brytanii: Lecania poeltii 3 gatunki nie spotykane dotąd w Irlandii: Bacidia sipmanii, Bacidia sipmanii i Caloplaca sorediella 2 gatunki mające status „narażonych” w Czerwonej księdze gatunków zagrożonych: Degelia ligulata i Ramalina chondrina 4 gatunki mające status „bliskich zagrożenia” w Czerwonej księdze gatunków zagrożonych: Anaptychia ciliaris mamillata, Opegrapha areniseda, Porina curnowii i Rinodina roboris armeriicola wiele rzadko spotykanych w Irlandii gatunków.