Według tego podania król Likaon (Lykaon), chcąc sprawdzić wszechwiedzę bogów, nakarmił podróżującego po ziemi Zeusa ludzkim mięsem, na co rozgniewany bóg zesłał na ziemię wielką powódź. Uratowali się z niej Deukalion i Pyrra, którzy z porady Prometeusza zbudowali sobie specjalną skrzynię. Płynęli w niej przez 9 dni i przez 9 nocy, aż przybili do góry Parnas w Fokidzie. Prawie wszyscy inni ludzie zginęli, poza nielicznymi, którzy schronili się w wysokich górach. Góry w Tesalii były podzielone i cały pozostały świat poza Istmusem i Peloponezem był przykryty wodą.

Starsza wersja opowiedziana przez Hellanikosa określa miejsce lądowania „arki” Deukaliona jako górę Othrys w Tesalii. Jeszcze inne podanie mówiło o osadzeniu na szczycie, prawdopodobnie Phouka w Argolidzie, o późniejszej nazwie Nemea. Gdy deszcze ustały, Deukalion złożył ofiarę Zeusowi. Po potopie Deukalion i Pyrra, przerażeni swą samotnością, udali się do wyroczni bogini Temidy, która nakazała rzucać im za siebie kości matki. Staruszkowie zaczęli rzucać kamieniami – kośćmi Ziemi-matki. Z kamieni rzuconych przez Deukaliona wyrastali mężczyźni, z kamieni zaś Pyrry kobiety. Inne stworzenia spłodziła po obfitym deszczu sama żyzna ziemia. Apollodoros z Aten podaje to jako etymologię dla („ludy”), które miało jakoby pochodzić od („kamień, głaz”).