W 1942 Olgę Małkowską powołano do władz ZHP. Została przewodniczącą Komitetu Naczelnego ZHP na czas wojny. Uczestniczyła tam również w pracach sięgających przyszłości, organizując GIS (Guides International Service) – skautową służbę międzynarodową niosącą pomoc dzieciom na terenach wyzwalanych spod okupacji hitlerowskiej. Poprzez Caritas GIS dostarczała żywność dzieciom zniszczonej Warszawy.
Po wojnie W latach 1948–1960 Olga Małkowska prowadziła kolejny sierociniec Polish Children’s Home w Hawson Court, w posiadłości opodal Buckfastleigh w hrabstwie Devon. W 1959 zorganizowała wycieczkę dzieci do Polski. Sama wróciła do kraju w 1961 (jej syn Lutyk Małkowski pozostał w Wielkiej Brytanii, gdyż tam założył rodzinęStrona internetowa Muzeum Harcerskiego w Zakopanem..) Osiadła początkowo we Wrocławiu, a w 1964 na stałe w Zakopanem, gdzie zamieszkała w drewnianym domku przy ul. Małe Żywczańskie 17A. W 1966 Rada Państwa przyznała jej rentę dla zasłużonych.
Olga Małkowska zmarła 15 stycznia 1979. Spoczywa na Nowym Cmentarzu w Zakopanem przy ul. Nowotarskiej (kw. K6-1-2) śp. Olga Drahonowska-Małkowska..