W 1592 roku biskup Hieronim Rozdrażewski, ordynariusz włocławski, wydał dekret nakazujący przekazanie dóbr klasztornych sióstr brygidek ojcom jezuitom. Przeciwko decyzji biskupa, a tym samym przybyciu do Gdańska jezuitów, zaprotestowała rada miasta, w której zasiadali zwolennicy Marcina Lutra. Jezuici jednak nie tylko przybyli do grodu nad Motławą, ale w 1606 roku przejęli duszpasterstwo nad brygidkami, uzupełnionymi liczebnie kilkunastoma siostrami z rozwiązanego zakonu w Vadstenie. Wszystko to sprawiło, iż Zakon Najświętszego Zbawiciela znów stał się silną i potężną wspólnotą zakonną. Odbudowano dzięki pomocy biskupa włocławskiego prymasa Polski Jana Tarnowskiego kościół, odtworzono nowicjat, a także założono klasztorną szkołę dla dziewcząt.
thumb|Widok na bazylikę z lotu ptaka Kościół poddano renowacji i odbudowie według planów szwedzkiego kościoła w Vadstenie. Po odbudowie świątynia przypominała wyglądem potężną trójnawową budowlę i miała jedenaście ołtarzy zdobionych malowidłami gdańskich mistrzów. Prezbiterium, wbrew powszechnym praktykom, umieszczono po stronie zachodniej. Nawy boczne otrzymały renesansowe gwiaździste sklepienie na wzór kościoła cysterskiego w Oliwie. Charakterystyczna dla tej budowli dzwonnica została ustawiona zgodnie z projektem Piotra Willera w południowo-wschodnim rogu świątyni.