Otrzymała piękny renesansowy wystrój, a w 1674 roku przykryto ją barokowym hełmem.
Wieki XVII i XVIII były znowu okresem spokoju dla klasztoru Brygidek w Gdańsku. Liczba zakonnic wahała się od 40 do 60 sióstr. W tym czasie kościół wzbogacony został o liczne obrazy i sprzęty oraz paramenty liturgiczne. W 1724 roku została zbudowana nowa sygnaturka z dzwonem po zachodniej stronie kościoła, nad głównym ołtarzem, oraz organy. Znacznie powiększono bibliotekę klasztorną.
Parafia przy kościele zakonnym W 1660 roku przy kościele klasztornym pw. św. Brygidy po raz pierwszy została utworzona parafia. Sprawowanie pieczy nad nią powierzono dwóm ojcom bygidianom, specjalnie oddelegowanym z zakonu. Pozostali ojcowie, zgodnie z regułą, obejmowali opieką duszpasterską i sakramentalną siostry brygidki. W tym czasie pierwszy kościół parafialny w Gdańsku pw. św. Katarzyny był już w posiadaniu protestantów.