Po zniszczeniu klasztoru franciszkanów reformatów w Nowym Mieście Lubawskim (istniejącego tam od 1624 r.) Paweł Działyński z żoną funduje najpierw drewniany (1631), a później murowany klasztor (1639), do którego zostali przeniesieni franciszkanie-reformaci z miasta.
Szybko rozwijający się kult tego miejsca sprawił, że nazwano go „pruską Częstochową”. W dniu 4 czerwca 1752 aktu koronacji figurki Matki Boskiej Łąkowskiej w klasztorze w Łąkach, dokonał biskup Wojciech Stanisław Leski, koronami papieskimi (poświęconymi przez papieża Benedykta XIV).
W 1639 r. Paweł Działyński ufundował przy starym kościele klasztor dla Franciszkanów Reformatów z Nowego Miasta Lubawskiego. Natomiast bp. Kazimierz Opaliński (1682–1693) wybudował przy kościele kaplicę, w której w 1693 r. pochowano biskupa Kazimierza Opalińskiego, a w 1714 r. Tomasza Działyńskiego. Kaplica przylegała do murów kościoła, a fundator obdarował ją relikwią św. Kazimierza. Na początku XVIII w. Tomasz Działyński (wojewoda chełmiński) i Teresa z Bielińskich Działyńska ufundowali przy kościele rodzinna kaplicę. Kaplica ta poświęcona była ku czci św. Piotra z Alkantary. Fundatorzy obdarowali ją relikwią z drzewa Krzyża Świętego. Trzecią przykościelna kaplica była kaplica grobowa i znajdowała się w krypcie pod kościele a urządził ją bp Opaliński.