Mimo trudności, w 1785 r. zakonnicy zaczęli budowę nowego, większego kościoła w stylu barokowym. Budowę zakończono w 1790 r. Ustawa z 1810 roku, znosząca klasztory w całej monarchii pruskiej, objęła również Łąki, lecz dzięki interwencji wpływowych osób - konwent w Łąkach ocalał.
Około 1856 r. powstało tu studium teologiczne dla kończących nowicjat zakonników w Wejherowie. 27 września 1875 r. po kasacie reformatów zamknięto klasztor w Łąkach. W klasztorze znajdowało się wówczas 22 zakonników. Wszystkie zabudowania klasztorne przeszły na własność państwa. 5 sierpnia 1877 r. podczas objawień w Gietrzwałdzie dzieci zapytały o klasztor w Łąkach Bratiańskich, czy będzie otwarty i otrzymały odpowiedź: „Jeśli gorliwie będziecie się modlić, będzie znowu otwarty”.
5 i 6 maja 1882 dwukrotnie spłonął kościół w Łąkach, zaś cudowny obraz i część wyposażenia przeniesiono do kościoła nowomiejskiego. Natomiast w 1884 spalił się budynek klasztorny. W lipcu 1925 r. powstało Towarzystwo Zwolenników Odbudowy Klasztoru w Łąkach. Komitet działał aż do wybuchu II wojny światowej, lecz nie udało się doprowadzić do odbudowy klasztoru.