22 marca 1983 został mianowany biskupem pomocniczym diecezji gdańskiej ze stolicą tytularną Beneventum. Święcenia biskupie otrzymał 17 kwietnia 1983 w Bazylice Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Gdańsku. Udzielił mu ich kardynał Józef Glemp, prymas Polski, któremu towarzyszyli Lech Kaczmarek, biskup diecezjalny gdański, i Albin Małysiak, biskup pomocniczy krakowski. Jako dewizę biskupią przyjął słowa Credite Evangelio (Zawierzcie Ewangelii). W latach 1983–1984 sprawował urząd wikariusza generalnego diecezji. W 1983 został ustanowiony prepozytem gdańskiej kapituły katedralnej. W 1984 administrował diecezją po śmierci biskupa Lecha Kaczmarka.
31 grudnia 1984 został mianowany biskupem diecezjalnym diecezji gdańskiej. Ingres do Katedry Trójcy Świętej w Gdańsku-Oliwie odbył 2 lutego 1985. 25 marca 1992 w związku z utworzeniem metropolii gdańskiej został wyniesiony do godności arcybiskupa metropolity. Paliusz otrzymał w Bazylice św. Piotra w Rzymie 29 czerwca 1992. W latach 80. należał do katolickich hierarchów najaktywniej wspierających ruch „Solidarności”. Uczestniczył w organizowanych w mieszkaniu księdza Stanisława Bogdanowicza spotkaniach z Lechem Wałęsą oraz jego współpracownikami i doradcami. Między 1988 a 1989 brał udział w rozmowach w Magdalence, w wyniku których przygotowano obrady Okrągłego Stołu.