W 1989 był jednym fundatorów Instytutu Badań nad Gospodarką Rynkową w Gdańsku i wszedł w skład Rady Fundacji Instytutu. Również w okresie III RP angażował się w działalność polityczną. Przed wyborami parlamentarnymi w 1993 zorganizował spotkanie liderów kilku ugrupowań prawicowych, na którym powołano Katolicki Komitet Wyborczy „Ojczyzna”. Po wyborach w 1997 zaprosił do swojej siedziby parlamentarzystów AWS, których przekonywał do zawarcia koalicji z Unią Wolności. W tym samym roku zawiesił w pełnieniu obowiązków proboszcza prałata Henryka Jankowskiego, gdy ten wygłosił kazanie, w którym protestował przeciw „nadmiernemu udziałowi Żydów we władzach”. 30 października 2005 zorganizował ostatnie powyborcze negocjacje koalicyjne między liderami Platformy Obywatelskiej a Prawa i Sprawiedliwości, które jednak zakończyły się niepowodzeniem. Był inicjatorem cyklu debat Gdański Areopag. Dwukrotnie, w 1987 i 1999, gościł w diecezji papieża Jana Pawła II podczas jego podróży apostolskich do Polski. 17 kwietnia 2008 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację z urzędu arcybiskupa metropolity gdańskiego.